29 марта 1999 года, по решению тогда ещё мэра Москвы Юрия Лужкова и ректора Московского Госуниверситета Виктора Садовничего в зданиях бывших Лазаревских казарм был открыт Черноморский филиал. Самый первый набор студентов начинал учёбу в Москве, а в будущих учебных корпусах шёл ремонт. Пока не был сформирован собственный штат преподавателей, ведущие профессора и доценты МГУ «вахтовым методом» приезжали в Севастополь и читали лекции. За четверть века филиал выпустил 2800 специалистов. Из них 900 человек окончили МГУ с красным дипломом.